طراحی پروتکل های آزمایشی یک روند پیچیده می باشد که شامل انتخاب کردن شرایط آزمایش، استفاده از آمار و اعتبار سنجی می باشد. در این مقاله، طراحی با استفاده از یک روش گام به گام انجام شده است و تمرکز آن بر روی کنترل های مثبت و منفی و انتخاب شرایط برای شبیه سازی معده و روده و ارزیابی نهایی ان می باشد.
به عنوان نمونه های کنترل مثبت و منفی، نمونه ی ساکارومایز سرویسیا ۳ و T دلبروکی ۱۵۶۷ انتخاب شدند که به دلیل عملکرد و جنبش شناسی رشد آن ها بود. به علاوه، نمونه ی ۲۴ نیز در این قسمت به عنوان گروه کنترل در نظر گرفته شد که این موضوع به دلیل این بود که این نمونه یک مخمر تجاری پروبیوتیک می باشد.