دانلود ترجمه مقاله طبقه بندی مجدد زیرگونه های کلاویباکتر میشیگانانسیس – Ncbi 2018

اگرچه در ابتدا پیشنهاد شده بود که جنس Clavibacter همه باکتری های کورینه فرم فیتوپاتوژنیک حاوی دی آمینوبوتیرات B2γ در پپتیدوگلیکان را در بر می گیرد اما گروه بندی مجدد همه به جز یک گونه به درون جنس های دیگر منجر به ایجاد حالات جدید با اختصاصیت منفرد در جنس ها شده است. گونه های منفرد موجود در جنس، Clavibacter michiganensis، چندین زیرگونه دارد، که همگی از پاتوژن های گیاهی اختصاصی میزبان هستند. آنالیز کل ژنوم، بر اساس میانگین شباهت نوکلئوتیدی و هیبریداسیون DNA-DNA دیجیتال، و همچنین آنالیز توالی چند لوکوسی (MLSA) 7 ژن خانه دار، از ارتقا هر زیرگونه C. michiganensis به وضعیت گونه حمایت کرده است. بر اساس داده های کل ژنوم و MLSA، ما ایجاد دو گونه جدید و ۳ ترکیب جدید را پیشنهاد کردیم: Clavibacter Capsici sp. Nov., comb. Nov و Clavibacter tessellarius sp. Nov., comb. Nov., و Clavibacter insidiosus comb. Nov.,، clavibacter nebraskensis comb. Nov. و Clavibacter sepedonicus comb. Nov

Abstract

Although the genus Clavibacter was originally proposed to accommodate all phytopathogenic coryneform bacteria containing B2g diaminobutyrate in the peptidoglycan, reclassification of all but one species into other genera has resulted in the current monospecific status of the genus. The single species in the genus, Clavibacter michiganensis, has multiple subspecies, which are all highly host-specific plant pathogens. Whole genome analysis based on average nucleotide identity and digital DNA– DNA hybridization as well as multi-locus sequence analysis (MLSA) of seven housekeeping genes support raising each of the C. michiganensis subspecies to species status. On the basis of whole genome and MLSA data, we propose the establishment of two new species and three new combinations: Clavibacter capsici sp. nov., comb. nov. and Clavibacter tessellarius sp. nov., comb. nov., and Clavibacter insidiosus comb. nov., Clavibacter nebraskensis comb. nov. and Clavibacter sepedonicus comb. nov.

نمونه ترجمه مقاله:دانلود ترجمه مقاله کلاویباکتر میشیگانانسیس

جنس clavibacter در ابتدا توسط داویس و همکارانش (1) برای در بر گرفتن همه­ی باکتری­های کورینه فورم فیتوپاتوژنیک حاوی دی آمینوبوتیرات  B2 در پپتیدوگلیکان پیشنهاد شده بود. این جنس در اصل شامل 6 گونه­ی پاتوژنیک گیاهی بود: clavibacter michiganensis، clavibacter iranicum، clavibacter rathayi، clavibacter toxicus، clavibacter tritici و clavibacter xyli. سپس، پاتوژن­های اختصاصی علف، c. iranicum، C. rathayi، C. toxicus و C. tritici به درون جنس Rathayibacter بر اساس هیبریداسیون DNA-DNA و ساختارهای مناکوئینون خودشان، گروه بندی مجدد شدند (2). دو زیرگونه­ی C. xyli در جنس Leifsonia قرار گرفتند (3و 4). اخیرا، جنس clavibacter شامل فقط یک گونه می­باشد، C. michiganensis که به 7 زیرگونه­ی باکتری­های پاتوژنیک گیاهی با اختصاصیت­های میزبان محدود، و دو زیرگونه با ارتباط نزدیک با بذرهای گوجه فرنگی و فلفل تقسیم می­شود. 5 تا از زیرگونه­ها شامل پاتوژن­های شناخته شده یعنی C. michiganensis، michiganensis subsp (Cmm؛ آفت باکتریایی و پلاسیده کننده­ی گوجه فرنگی)، C. michiganensis subsp. Sepedonicus (Cms؛ حلقه­ی باکتریایی پوساننده­ی گوجه فرنگی)، C. michiganensis subsp. Insidiosus (Cmi؛ پوساننده و متوقف کننده­ی رشد در یونجه)، C. michiganensis subsp. Nebraskensis (Cmn؛ پوسیدن و پژمردگی ذرت)، و C. michiganensis subsp. Tessellarius (Cmt؛ لکه دار شدن برگ و خال­های برگی در گندم) می­باشد. مهم­تر اینکه، 3 زیرگونه­ی اول، پاتوژن­های تنظیم شده یا قرنطینه شده­ی محصولات کشاورزی مهم در بسیاری از کشورها هستند. اخیرا، C. michiganensis subsp. Phaseoli به عنوان عامل مسبب زرد شدن باکتریایی برگ باقلا (5) و C. michiganensis subsp. Capsici (Cmc) به عنوان عامل مسبب فساد باکتریایی روی فلفل توصیف شده بود (6). دو زیرگونه­ی دیگر، C. michiganensis subsp californiensis و C. michiganensis subsp chilensis نمونه­های باکتریایی جدا شده از بذرهای ذرت و گوجه فرنگی که در کالیفرنیا و چین تولید شده بودند را در بر می­گرفتند (7). در بین این زیرگونه­هایی که به تازگی ایجاد شده­اند، فقط C. michiganensis subsp. Capsici با داده­های توالی ژنوم در دسترس (جدول 1) در این مطالعه مورد استفاده قرار گرفته بود. 3 زیرگونه­ی جدید دیگر در این مطالعه درگیر نشده بودند.

به منظور تعیین بهتر موقعیت تاکسونومی زیرگونه­های C. michiganensis، توالی­های کل ژنوم دو سویه­ی Cms، 6 سویه­ی Cmn، دو سویه­ی Cmt، و سویه­ی Cmm، Cmi و Cmt با استفاده از توالی یابی ریل تایم تک مولکولی PacBio (SMRT) در ژنوم Quebec رمز گشایی شد (دانشگاه مک گیل، و مرکز اختراع ژنوم Quebec، مونترال، Quebec، کانادا). توالی­های انباشته شده با توالی­های منتشر شده­ی C. michiganensis subsp. michiganensis  و subsp. Insidious و سایر توالی­های Clavibacter موجود در بانک ژن (جدول 1) مورد مقایسه قرار گرفتند. توالی­های زنومی که اخیرا برای بسیاری از انواع سویه­های هر زیرگونه از Clavibacter michiganensis در دسترس هستند در این مطالعه درگیر شده­اند. توالی­های ژنومی ایجاد شده در این مطالعه،